Ze względu na krasowy charakter i dużą przepuszczalność podłoża w "głównym grzbiecie" Jury sieć powierzchniowych cieków wodnych jest stosunkowo rzadka (dla P.Częstochowskiego gęstość sieci rzecznej 0,5km/km²), natomiast jest to bardzo istotny obszar zasilania wód powierzchniowych związany z podziemnym zbiornikiem monokliny śląsko-krakowskiej.

Większość rzek płynie na obrzeżach Wyżyny i większych obniżeniach terenu, częstym zjawiskiem są wahania poziomu przepływu, oraz występowanie cieków okresowych.





Do najważniejszych rzek tego terenu należą:

Warta - ze źródłami w Kromołowie(Zawiercie) płynąca zachodnią granicą Jury, z licznymi dopływami odwadniającymi kuestę

Wiercica - wypływająca ze Źródeł Zygmunta w okolicach Ostrężnika

Krztynia - wraz z dopływem Białką odwadnia centralną część P. Częstochowskiego

Pilica - ze źródłami w okolicach miasta Pilicy, odwadnia środkową i wschodnią Jurę

Czarna Przemsza - wypływająca ze źródeł w Bzowie(Zawiercie)

Biała Przemsza - wypływająca z torfowisk w okolicach Wolbromia, rzeka silnie zdegradowana głównie w wyniku działalności kopalni rud cynku i ołowiu, na terenie jej zlewni występuje wiele ciekawych zjawisk hydrologicznych związanych z górnictwem

Szreniawa - z obszarem źródliskowym na tych samych torfowiskach co Biała Przemsza płynąca jednak w kierunku wschodnim

Dłubnia - ze źródłami w okolicach Trzyciąża

Prądnik - płynący przez tereny OPN, wraz z Dłubnią odwadnia wschodnią część Jury

Rudawa - wypływająca ze źródeł w Psarach, wraz z dopływami odprowadza wody z terenu Wyżyny Olkuskiej, Rowu Krzeszowickiego i Garbu Tenczyńskiego

Wisła - stanowiąca południową granicę Wyżyny bezpośrednio wpadają do niej tylko niewielkie potoki z Garbu Tenczyńskiego, ale poprzez Pilicę, Przemszę, Rudawę, Prądnik odwadnia większą część Jury.

W środkowej części Wyżyny pomiędzy źródłami Warty w Kromołowie, a źródłami Czarnej Pszemszy i Pilicy przebiega dział wodny 1 rzędu.

Podobnie jak w przypadku rzek budowa geologiczna decyduje o braku większych naturalnych zbiorników wodnych, niewielkie naturalne zbiorniki występują na nieprzepuszczalnych iłach jury środkowej, a w części centralnej na iłach rezydualnych. Zbudowano stosunkowo dużą liczbę zbiorników sztucznych - największy z nich to Zbiornik Poraj na Warcie, a na prawie każdej rzeczce w pobliżu źródeł utworzono niewielkie zalewy rekreacyjne i stawy hodowlane.

Akcentem najbardziej charakterystycznym w hydrografii Jury i jednocześnie znaczącym elementem krajobrazowym jest występowanie licznych źródeł krasowych.
Najczęściej spotykamy źródła typu szczelinowego i krasowego, w których woda pochodząca z głębi masywu krasowego wypływa pod ciśnieniem hydrostatycznym bezpośrednio ze szczelin w skałach, bądź przepływa przez warstwę piasku tworząc podwodne "gejzery".
W centrum Jury rzadko spotkamy źródła warstwowe powstające na styku wychodni warstw nieprzepuszczalnych i utworów przepuszczalnych np. czwartorzędowych, jest to natomiast najpopulrniejszy typ wypływu na kueście. W obrębie Garbu Tenczyńskiego występują również źródła o genezie uskokowej.